これはよくある相談です。システムが進化してもAIが普及しても、勤怠管理をきっちり行うことは難しいでしょう。おおげさな言い方ですが、労務管理の永遠の課題です。
ただし残業手当がきっちり支払われない、有休付与がいい加減、といった事態になればつまらないことでモチベーションが下がってしまいますので、適正な管理は必須です。
また、法律でも労働者の勤務時間は会社の義務尾となってます。下記参照してください。
＜よくある相談事例＞
１，社員がキチンと打刻してくれない
２，打刻時刻と勤怠時刻の差がある
これはうっかりの場合と、意図的な場合があります。あえて打刻をずらして残業時間を増やし残業手当を請求する、といったこともたまにあります。
３，会社に来ない場合があり、打刻ができない
４，ソフトの設定が複雑
勤怠ソフトは会社や社員が勝手にいじれないように、さまざまな制約を設けています。これがかなり面倒なことになり、何年やっても効率的な運用が難しい例が多いです。
５，ソフトの設定が経営方針に追いつかない
例えば土日を休日扱いに設定していたが、土日勤務が行われるようになり通常の勤務にもかかわらず休日割増になってしまった（ソフトの設定変更が間に合わなかった）
等です。
＜解決案＞
勤怠管理には、タイムカード、勤怠ソフト、紙への記載等がありますが、これからのことを考えるとソフトの活用が合理的かとは思います。それに基づいてご提案いたします。
１，完璧を求めない
勤怠管理がうまくいくためには、このことに尽きる気がします。ソフトの設定をどんなにきめ細かく設定しても、労働時間の設定等経営方針が変わると使い物にならなくなります。
経営方針が変更したのにソフトの設定を変えないと、時間外手当等間違って計算するケースがあります。ある程度のあいまいさが求められます。
２，外部で打刻できる設定をする
最近は会社以外での業務が増えています。スマホで打刻できるシステムは必須でしょう。
３，定期的チェックを行う
完璧なチェックは難しいでしょうが、定期的におかしなことが起きてないかチェックすべきです。また外部での打刻の場合はどこで打刻しているか（勤怠ソフトであらばチェッ
ク可能）等も必要です。チェックする人は、事務職で良いと思いますが、これも定期的には経営や部署の全体がわかる管理職が見るべきでしょう。
４，正しく打刻しない場合の懲戒規程を設ける
どうしても常習的に打刻をしない人等は出てくるので、これも必要でしょう。やるべきことをやらないのに何もないと、それを認めることになってしまいます。
